El edificio se distribuye en dos plantas. La primera de ellas se compone de las unidades de ensayo, las cuales están clasificadas en función a la temática a la cual están orientados (nutrición, diversificación, moluscos y crustáceos, fitoplancton y zooplancton, microbiología y patología). Además, en la misma planta, se encuentra ubicado el laboratorio de transformado de productos y el de ingeniería.

En la planta superior se encuentran las instalaciones para la administración y gestión del Centro (oficinas técnicas, administración y dirección, salas de eventos y gerencia), así como los laboratorios analíticos de físico-química, tecnología de alimentos y materiales, y la sala de vigilancia tecnológica. El edificio se complementa con una zona de recepción de agua salada y pretratamiento de la misma que abastece a todos los sistemas disponibles.